党的十七大提出贯彻落实科学发展观，即“坚持以人为本，树立全面、协调、可持续的发展观，促进经济社会和人的全面发展”，按照城乡区域、经济社会、人与自然、国内对外“五个统筹”的要求，推进各项事业和工作。不久前十七届五中全会关于“十二五”规划的《建议》，鲜明地强调了加快经济发展方式转变的主题。在当前我国经济在抵御世界金融危机冲击后企稳向好，宏观调控中矛盾主要方面已从“内需不足”更多转向“结构制约”的情况下，党中央要求加快发展方式转变，具有贯彻落实科学发展观的重大指导意义，针对的是现实生活中的粗放发展、低水平重复建设等问题。这些问题的负面效应随经济社会发展而日趋凸显，加剧了资源、环境制约，是我国中长期建设全面小康社会和推进可持续现代化进程的深层拖累。为实现科学发展，在当前继续扩大内需的同时，需要把短期调控与中长期的制度设计与建设、机制转变与改善，紧密结合起来，其中包括积极建立健全有利于科学发展的财税体制机制。 
 
    一、深化改革，构建财权与事权相呼应、财力与事权相匹配的财税体制
    1994年财税配套改革形成的分税制为基础的分级财政体制，需要在深化改革中进一步改进，以强化各级政府内生的科学发展动因。 
 
一是逐步形成合理的事权明晰划分方案，进而理顺中央与地方财权配置和收入划分，促进经济发展方式转变与统一市场形成。从总体上看，政府层级和财政层级应在“扁平化”改革取向下适当减少，中央、省、市县三级的职能和事权，应当按照市场经济客观要求力求合理化和清晰化，由粗到细地形成事权明细单（其中包括共担事权部分的具体分担方案），进而应按财权与事权相呼应的原则，努力使税基划分合理化，酌情减少共享税。那些容易造成税源转移和跨地区间分配不公的税种，以及有利于在中央层级实施收入分配调节、推动经济发展方式转变、促进资源永续利用以及统一市场形成与完善的税种，应当确定为中央固定收入。具体而言，中央政府为履行宏观调控职能，应当掌握有利于维护统一市场、流动性强、不宜分隔、具有收入再分配和宏观经济“稳定器”功能的税种如个人所得税，有利于贯彻产业政策的税种如消费税，以及与国家主权相关联的税种如关税。地方政府为履行提供区域性公共产品和优化辖区投资环境的职能，应当掌握流动性弱、具有信息优势和征管优势、能与履行职能形成良性互动关系的税种如房地产税和资源税等。
二是抓住适当时机推进资源税、物业税改革，充实地方税体系，壮大地方收入，提高地方公共服务的保障能力。地方税主体税种的税基应较宽广、收入稳定、具有非流动性且税负不易转嫁，使本地税负落到本地居民身上，把地方公共物品的成本和功效较好联结起来。我国地方税主体税种可考虑主要由营业税、物业税（即房地产税）、城市维护建设税和资源税四项组成。此外，应研究赋予地方政府层面对某些税种的选择权和某些地方税的税目、税率等的调整权，以及将来对某些区域性税源的设税权。
三是加快发展健全规范的中央、省两级自上而下的转移支付制度，以及必要的“对口支援”等横向转移支付制度，发挥财政均衡制度功能。继续扩大一般性转移支付资金规模，清理整合专项转移支付项目，完善因素法的转移支付。针对各地区不同的主体功能定位，应把对于农林牧区域、生态区域的转移支付支持，进一步制度化、规范化。还可以考虑结合主体功能区建设，建立基于生态补偿的横向转移支付制度，即在经济和生态关系密切的同级政府间建立区际生态转移支付基金，通过上、下游和全流域不同行政区政府之间的相互协作，实现生态成本在区域间的有效分担与“共赢”的发展。因此，下一阶段在特定水系、流域的上、下游之间，生活用水的水源地和使用地之间，需积极试行通过上级协调、专家参与谈判等方式建立“一对一”的横向生态补偿制度。
四是完善企业所得税税源总分制度，优化相关利益均衡机制。跨省市企业总分机构实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的纳税方式，在一定程度上促进了地区间税收公平，但造成了总机构与分支机构主管税务机关的不一致，仍然引发跨区总分机构的企业所得税归属和征管权之争。今后应当从平衡两套征管系统和地区之间利益博弈角度进一步改革税源总分制度，将收入任务、管理事项等相关责权利作合理配置，调动分支机构主管税务机关的管理积极性，追求更为合理的利益均衡。
    二、构建有利于支持自主创新和走创新型国家道路的财税机制
    在我国加快转变经济发展方式，必须走建设创新型国家之路，充分发挥科技“第一生产力”的能动作用，把增强自主创新能力作为发展的战略基点和调整产业结构、实施节能降耗、低碳增长的中心环节。财政应充分运用经济手段实行杠杆式支持。
要建立健全支持和鼓励创新型国家建设和企业自主创新能力建设的财政支出机制和税收制度。一是应为构建以企业为主体的自主创新体系提供必要的贴息、信用担保等支持；业已成立并运行了若干年的国家中小企业创新基金，需要扩大规模，改进管理，更多运用乘数效应较大的贴息方式，以及规范的参股方式，而不是简单的拨款支出方式。二是应探索财政以适当方式介入，为部门、企业建设科技实验室、中试基地、孵化基地等提供一定的资金支持，并积极发展产业基金和以政策性扶持为导向的风险创业基金的母基金。三是积极改进和健全知识产权的保护制度，并通过实施政府支持性采购政策（包括首购政策），扶持自主知识产权的市场化应用和创新型企业发展。四是制定、改进和完善激励企业加大研发投入的一系列税收政策。税收优惠政策的着力点应适度前移，力求针对企业或科研单位实际科研项目投入予以鼓励。
同时，需要更明晰地把握财政支持自主创新发展的重点领域和方向。总体而言，对于事关国计民生、国家安全的核心技术，重大专项，以及具有全局性、带动性的关键共性技术，如能源开发与安全生产、水资源和环境保护技术，航天航空和海洋技术，基础科学和前沿技术等，应作为财政支持发展的重点领域和方向。对于有良好市场前景的技术，如装备制造、信息产业领域的系统设计技术、控制技术与关键总成技术等，应主要依靠市场机制，作为企业和企业集团攻关与发展的重点领域和方向。同时，对关系国家全局和战略利益、企业难以独立完成的大型技术装备项目，和需联合攻关的重大专项，给予必要支持，力求集中力量取得突破。在推动过程中，财政应根据相关的财力、技术、条件准备状况等因素，选择一定领域和方向，有重点、有目标、分步骤，量力而行，并与政策性金融、开发性金融、商业性金融资金等积极形成合力，充分借助市场机制配置资源的基础作用和高效管理机制。
    三、完善促进环境保护和资源合理利用的税费制度
    在科学发展观指导下，针对我国目前环境污染和资源浪费严重的情况，需要完善促进环境保护和资源合理利用的税费制度，健全惩罚和激励机制。
一是改革和完善探矿权和采矿权（矿业权）的价、税、费制度。在确立矿产资源有偿使用方向后，全面实行矿业权有偿取得制度，完善矿业权价格形成机制。同时应将矿产资源税和以矿产资源补偿费形成环境修复基金、安全生产基金等这两条线索合理分离，各归其位。
二是扩大资源税的征收范围并改进其税率设计。长远看应将没有纳入现行征税范围的资源品种，如水资源、森林资源等纳入征税范围，将现有的某些资源性收费并入资源税。资源税征收机制与税率设计应体现有利于提高回采率、调节级差收益、促进公平竞争和合理对应市场周期波动、以及配合资源产品价格改革的客观要求。近期应力求抓住通胀尚未形成现实压力的操作窗口，把我国资源税改革向前推进。
三是研究促进现有税制的“绿化”和开征新的环保税、探索该体系内的碳税等。导向上应分层级地启动“绿色税收转型”，逐步实现征税重点由流转税向能源环境税的转移，把绿色税收调节范围由工业扩大到建筑、交通、公用事业等领域。具体考虑，一方面，可研究开征专门的能源环境税（比如碳税），提高其在财政收入中的比重，使之成为节能降耗、促进资源循环利用、减少排污的有效激励机制和重要资金来源。另一方面，相应降低流转税和企业所得税的税率，减少来自流转税、所得税的地方投资扩张动因。
    四、完善促进基本公共服务均等化和收入合理分配的财税制度
    科学发展的重要方面是社会关系、人与人关系的和谐与合理调节。这方面财税的应有作为至少包括两大方面：
一是逐步建立公共服务标准体系，酌情推进基本公共服务均等化。在充分考虑各地自然、地理、人文等因素所导致的成本差异后，对各项公共服务所应达到的水平建立量化标准，并依据社会经济发展情况设立自动调整机制，在此基础上，研究制定推进基本公共服务均等化的目标与方案。要在基本民生托底事项有统一制度安排的基础上，进而追求基本公共服务在不同区域，在公民人均使用价值形态上，逐渐趋于大体一致，切实保障社会公众，特别是低收入阶层的基本公共生活需求，提高低中收入阶层的收入水平和消费能力。
二是构建收入分配的宏微观制度安排，完善以税收为主的收入再分配制度。完善促进国民收入与社会财富合理分配的宏观政策和制度，消除不合理垄断，健全社会保障。积极推进个人所得税改革，研究建立综合与分类相结合的个人所得税制，合理调整税率级距和水平，进一步强化所得税的累进性质。逐步完善个人申报制度，加强税源监控和税收征管，加大对高收入调节力度，更好地发挥个人所得税的收入再分配作用。还应加强对财产性收入的调节，适时开征房地产税，并研究开征遗产与赠与税。还应配合社保体系改革与建设，加快研究开征社会保障税。另外，为加快慈善事业发展，应运用税收优惠政策积极扶持公益性、慈善性基金的发展，促进引导“第三次分配”发挥缓解收入差距扩大的作用。
    此外，还要以加强科学化、精细化管理为主线，把财税的体制创新与预算体系的一系列管理创新、相关的技术创新（如金财工程）紧密结合，良性互动，更好发挥财政“以政控财、以财行政”服务于科学发展大局的作用。